Il seguente grafico mostra il flusso delle informazioni attraverso il sistema:

1. L' index.php funziona come come primo controller, inizializza ler risorse di base necessarie per far funzionare CodeIgniter.
2. Il Router esamina la richiesta HTTP per determina cosa deve fare.
3. Se esite un file di cache, questo viene spedito direttamente al browser, bypassando la normale esecuzione.
4. Sicurezza. Prima che il controller dell'applicazione sia caricato, la richiesta HTTP come ogni altra informazione passata è filtrata per sicurezza.
5. Il Controller carica il model, core libraries, plugins, helpers, ed ogni altra risorsa necessaria atta a processare la specifa richiesta.
6. In fine la Vista spedirà al browser ciò che deve essere visualizzato. Se è abilitato il caching, la vista è prima sposta in cache così che sarà pronta è disponibile per eventuali future richieste.